A união entre os dois módulos ocorreu às 01h48 pelo horário de Brasília (04h48 UTC), alguns minutos após o desengate dos anéis que mantinham as duas naves atracadas desde 18 de junho. Naquela ocasião a Shenzou 9 uniu-se a plataforma orbital chinesa de modo automático, sem qualquer intervenção humana.
Antes do acoplamento de hoje, realizado de modo totalmente manual, a Shenzhou 9 se afastou por cerca de 400 metros da Tiangong e realizou pequenas manobras de correção, comandadas pelos astronautas Liu Wang, Jing Haipeng e Liu Yang.
Após o acoplamento os astronautas entraram novamente na estação espacial, onde deverão realizar novos testes e experimentos científicos.
As duas naves deverão permanecer conectadas por mais quatro dias. Em 28 de junho a Shenzou 9 se despede da Tiangong 1 e no dia seguinte regressará à Terra.