A impossibilidade de manter contato com a sonda é um duro golpe na tentativa russa de salvar ao menos parte da missa Phobos. A esperança era obter novo dados de telemetria que informassem as condições da nave, mas os dados não foram captados.
No dia 22 de novembro, a ESA conseguiu enviar sinais de telecomando à Phobos-Grunt, que respondeu acionando o transmissor de bordo, enviando um pacote de dados. Como a sonda está em órbita muito baixa, não houve tempo suficiente para coletar grande quantidade de informações, já que o tempo de passagem sobre a estação receptora é de menos de 7 minutos.
O contato, mesmo que momentâneo, foi bastante festejado pelos engenheiros russos e europeus, mas a alegria durou pouco. Nas passagens seguintes, quando eram esperados novos blocos de dados nenhum sinal foi recebido.
No dia 1 de dezembro, o centro de controle da ESA, localizado em Darmstadt, Alemanha, anunciou novas tentativas de contato a partir da estação de Maspalomas, nas Ilhas Canárias. Foram enviados comandos à nave durante as passagens das 12h47 UTC e 14:35 UTC com o objetivo de acionar o transmissor de bordo, mas o resultado foi novamente o silêncio.
Elementos orbitais publicados diariamente pelo Comando de Defesa Estratégica dos EUA, USSTRATCOM, permitem conhecer com bastante precisão a posição da sonda no espaço, facilitando a observadores independentes traçarem um panorama relativamente confiável sobre a situação da PG.
Os parâmetros orbitais mostram que nos últimos 10 dias o perigeu caiu cerca de 1 km, enquanto a altura máxima de apogeu passou de 320 km para menos de 303 km, tornando o shape da órbita ainda mais circular. Considerando que houve pouca variação no fluxo solar, a queda de perigeu parece menor do que o previsto, o que leva a crer que algum mecanismo automático está tentando estabilizar a altura da nave no espaço.
Por outro lado, observações visuais feitas por observadores e astrônomos amadores mostram grandes variações no brilho da Phobos-Grunt e em alguns casos, intermitência na luz refletida pelo Sol. Isso leva a acreditar que exista alguma falha no controle de atitude (não confundir com altitude) da nave, que deveria orientar a posição do artefato dentro da órbita. Essa hipótese justificaria a dificuldade de contato, já que a antena principal poderia estar apontando para qualquer lugar durante o momento que sonda passou sobre as estações de rastreio.
No entender de Ted Molczan, do grupo de observadores independentes Satobs, esse objeto reentrou na atmosfera no dia 1 de dezembro, tinha cerca de 10 centímetros e pesava aproximadamente 500 gramas. Outro objeto, de dimensões semelhantes também está sendo monitorado, mas não há informações oficiais a respeito.
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Na injeção, o curso da nave espacial foi corrigido, garantindo que a sonda chegue a marte sem a incômoda presença de parte do foguete lançador, que ao contrário do jipe, não passa por processos de descontaminação tão severos.